Til ethvert UNU center knyttes en bestyrelse. UNU/IIST's første bestyrelse bestod af personer udpeget af de tre donor-lande og af Rektor for UNU: fra Cameroun, Colombia (siden Brasilien), Frankrig, Indien, Kina, Macau, Portugal og Tjekkiet. Bestyrelsen mødes årligt i tre dage. Dens opgave er bl.a. at kommentere den årlige rapportering, at rådgive, samt at stå bag ved (dvs. støtte) de to-årlige budgetter, program- og bemandings-planer som siden fremsendes til UNU's råd til endelig godkendelse.